全基因组de novo测序

产品介绍常见问题经典案例结果展示


基因组测序开启物种真正探索之路

基因组从头测序(De novo sequencing)
在不依赖参考基因组的情况下对某物种进行基因组测序及拼接组装,
从而绘制该物种的全基因组序列图谱。基因组测序不仅可以获得该物种的全基因组序列图谱,
同时?#21442;?#21518;续物种起源进化及特定环境适应性的研究奠定了基础。
根据基因组的复杂程度,基因组可分为简单基因组和复杂基因组。

简单基因组 复杂基因组
重复序列比例 <50% >50%
杂合率 <0.5% >0.5%

科学方案设计

从材料选取,建库测序,到数据分析,
每一步都需要科学、缜密的设计,?#21592;U细?#36136;量研究成果。

简单基因组de novo 测序 复杂基因组de novo 测序

纯二代

基于顶尖组装水平,简单或复杂基因组高质量组装

文库类型

小片段文库:250 bp/450 bp
大片段文库:2 Kb/5 Kb/10 Kb

小片段文库:250 bp/350 bp/450 bp
大片段文库库:2 Kb/5 Kb/10 Kb/20 Kb

样本要求

DNA总量>400ug

DNA总量>400ug

测序策略与深度

HiSeq PE150 100×

HiSeq PE150 200×

承诺指标

哺乳动物和鸟类基因组:contig N50≥40 Kb
scaffold N50≥4 Mb
其它物种基因组:contig N50≥30 Kb
scaffold N50≥1 Mb

contig N50≥20 Kb
scaffold N50≥500 Kb

组装策略(推荐)

二代、三代混合拼接

测序策略与深度

二代小片段(100?#31890;?三代(40?#31890;?10X Genomics

承诺指标

contig N50≥500 Kb
scaffold N50≥1 Mb

contig N50≥200 Kb
scaffold N50≥1 Mb

全三代拼接

全三代结合?#24405;际酰?#32452;装水平达到新高度

测序策略与深度

三代(80?#31890;?10x Genomics/BioNano/ChiCago

三代(100?#31890;?10X Genomics/BioNano/ChiCago

承诺指标

contig N50≥1 Mb
scaffold N50≥3 Mb

contig N50≥500 Kb
scaffold N50≥1 Mb

信息分析

基因组序列是研究物种?#32959;?#29983;物学的基础,通过全基因组de novo测序,
可得到物种全基因组序列图谱,通过比较基因组学分析可对物种进行基
因家族分析,系统进化分析,正选择分析和共线性分析。

De novo 测序 分析内容
组装 组装策略
组装结果评估
注释 重复序列注释
基因结构注释
基因功能注释
非编码RNA注释
生物学分析 比较基因组学分析 基因家族分析
系统进化分析
正选择分析
共线性分析
个性化分析 针对物?#32959;?#36523;特点
制定分析方案
有参考基因组de novo 测序 特有基因检测
变异检测

因为专业,所以卓著。

从基因组组装软件SOAPdenovo、SOAPdenovoⅡ到NOVOheter,
从比对软件SOAP、SOAP2到SOAP3,从二代组装、二加三混合拼
?#25317;?#20840;三代组装,针对不同的基因组特征,采取不同的策略,致力于得到最?#35834;?#32452;装结果。
因为专注,所以专业,诺禾致源始终引领着基因组学的发展。

悦读高质量测序数据,尽享HPC澎湃动力

基因组De novo 测序采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,
实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,
?#21592;?#35777;高效的数据处理和安全的数据存储。

出色完成每一个项目?#26041;冢?#21161;力科学研究。

诺禾致源的基因组合作项目遍布全球各地,引领基因组研究潮流。
截至2017年12月,发表高水平基因组文章8篇,其中2篇为封面文章。研究涉及鸟类、
哺乳动物、水产生物、珍稀动物、昆虫、栽培作物、水果植物、药用植物、藻类、林木类、灌木类等诸多物种。
“科学的方案设计,?#32454;?#30340;质控管理,专业的分析团队,丰富?#21335;?#30446;经验,优质?#21335;?#30446;服务?#20445;?br>确保每一个?#26041;?#37117;能出色完成,助力科学研究。

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