真菌基因组测序

精准,快速,专业。

无限未来的创造者————真菌基因组

真菌基因组研究,是通过基因组测序和组装,
获得真菌全基因组序列,并对其进行结构和功能研究的方法,依据研究目标精细程度不同,
我们提供了真菌框架图、真菌精细图和作为真菌精细图前置的真菌Survey三种不同的解决方案。
对这些菌株的深入研究,也让我们能够更好的了解和利用真菌资源,创造出更大的价值。

多样化基因组解决方案

多平台的选择,不同精细程度的真菌基因组测序方案,适用不同应用场景,
为您?#21487;?#23450;?#35889;釷室?#30340;真菌基因组解决方案。

产品 测序平台 测序策略 组装指标 适用范围 项目周期
真菌Survey HiSeq PE150 350bp?#30446;?≥ 100X 估算基因组大小
评估组装难度
30个自然日
真菌框架图 HiSeq PE150 350bp?#30446;?≥ 100X 大量菌株
框架测序
45个自然日
真菌精细图 PacBio RSII
HiSeq PE150
PacBio?#30446;?≥ 70X
350bp?#30446;?≥ 20X
基因组<100 Mb
CN50*≥1 Mb;
基因组≥100 Mb
CN50*≥500 Kb
少量个体
精细组装
75个自然日

科学方案设计

从材料选取,建库测序,到数据?#27835;觶?br>每一步都需要科学、缜密的设计,以保?#32454;?#36136;量研究成果。

信息?#27835;?/h3>

?#27835;?#20869;容=标准?#27835;?高级?#27835;觥?br>不同精细程度的真菌基因组信息?#27835;觶?#35299;密真菌的发展历程,探?#31185;?#28508;在价值。

研究领域 具体内容 作用
基因组组装 基因组组装及结果评估 组装获得高质量的基因组序列
基因组结构研究 编码基因预测 多种预测途径
ncRNA预测 获得可靠编码基因信息
重复序列?#27835;?/td> 预测非编码RNA结构
基因基本功能注释 常见功能数据库注释
(NR、GO、KEGG、KOG、SwissProt)
?#27835;?#22522;因组重复序列结构
菌株致病相关研究 病原与宿主互作(PHI)、分泌蛋白、细胞色素P450、
碳水化合物相关酶(CAZy)、次级代谢产物基因簇
通过常见权威数据库解释编码基因功能
从胞外分泌、宿主互作等机?#24179;?#37322;菌株致病性
了解更多>>

深入到位的数据挖掘

不论是个体深入变异解析,还是?#31166;?#36827;化历?#26041;?#35835;,我们都有完备的解决方案,
为您解决关心的生物学问题。

研究目标 应用技术 解决问题
个体深入变异解析 基因组间共线性?#27835;?/td> 基因组一对一共线性比较
寻找基因组间同源序列
基因组间变异检测 以共线性区域为基础
全面解析基因组间变异信息
?#31166;?#36827;化历?#26041;?#35835; 基因家族构建 基于MCL算法精准聚类
单拷贝基因用于进化?#27835;?/td>
进化树构建 构建菌株间进化关系
解析菌株起源传播规律

悦读高质量测序数据,尽享HPC澎湃动力

细菌基因组测序采用先进的HiSeq 4000测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,
实现快速稳定的测序数据?#27835;?#21450;交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,
以保证高效的数据处理和安全的数据存储。

出色完成每一个项目?#26041;?/h3>

诺禾致源微生物客户遍布全球,截止2015年12月,已发表20余篇微生物文章,
细菌基因组完成样品数超过2,000个,项目合作领域涵盖了动植物致病菌、工业菌、益生菌、环境菌株等广泛领域。
“科学的方案设计,?#32454;?#30340;质控管理,专业的?#27835;?#22242;队,丰富的项目经验,优质的项目服务”
确保每一个?#26041;?#37117;能出色完成,助力科学研究。

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